«نامبرده دستگیر و با پرونده به نظر آقای بازپرس رسیده و فعلا در شهربانی مذکور تحت نظر می‌باشد. به شهربانی مربوطه دستور داده شد مشارالیه را با پرونده به مشهد اعزام دارد.»
به گزارش کنفرانس عمران ایران، به نقل از پایگاه اطلاع‌رسانی مرکز اسناد انقلاب اسلامی، در محرم سال ۱۳۴۲، آیت‌الله خامنه‌ای پس از انجام ماموریت خود در رساندن پیام امام به علما و مراجع مشهد، روز دوم محرم برای تبلیغ به شهر بیرجند رفتند، و در مدرسه طلاب علوم دینی مستقر شدند. ایشان پس از سخنرانی‌های بسیار مهم و روشنگرانه خود در آن شهر، بازداشت شدند و به شهربانی مشهد انتقال یافتند.
مطابق اسناد شهربانی خراسان در گزارش ۲۰ خرداد ۱۳۴۲ آمده است:
«محترما به استحضار می‌رساند طبق گزارش شماره ۵/۲۰۳ – ۴۲/۳/۱۲ شهربانی بیرجند آقای سیدعلی فرزند حاجی سیدجواد خامنه‌ای محصل مدرسه حجتیه قم ۲۴ ساله برای وعظ به آن‌جا آمده و در شهر از جریانات قم و ایراد ضرب به علما بیاناتی نموده و اذهان عمومی را تحریک کرده، نامبرده دستگیر و با پرونده به نظر آقای بازپرس رسیده و فعلا در شهربانی مذکور تحت نظر می‌باشد. به شهربانی مربوطه دستور داده شد مشارالیه را با پرونده به مشهد اعزام دارد که شخص مذکور ساعت ۲۲ روز ۴۲/۳/۱۹ وسیله مامورین بدرقه وارد و صبح روز ۴۲/۳/۲۰ به ساواک خراسان تحویل گردیده است. سرپرست شهربانی‌های خراسان. سرهنگ افتخار.»